مدرسه علمیه آیت الله بهجت (ره)، از ابتدای تاسیس، اقدام به برنامهریزی پژوهشی و هدایت طلاب در زمینه تولید محتوای علمی نموده است. طلاب پایههای مختلف توانستهاند، مقالاتی را در سطوح مختلف ارائه دهند.در ادامه فهرست منتخبی از تحقیقات و عناوین مقالات پژوهشی مدرسه را بر اساس موضوع علمی مرتبط با آنها و به ترتیب الفبایی، ذکر می کنیم:
مراسم گرامیداشت هفته پژوهش، و آیین تجلیل از پژوهشگران و اساتید برتر پژوهشی مدرسه علمیه آیت الله بهجت (ره) قم با سخنرانی حضرت آیت الله مدرسی یزدی در روز 25 آذر 99 برگزار شد. گزارش این جلسه را در اینجا مشاهده کنید